ציורי צבעי המים של אהרון אפריל זוכים לשבחים על עומקם וזוהרם יוצאי הדופן, והם מוצגים לעיתים קרובות בתערוכות לצד ציורי השמן המרשימים שלו. בניגוד לתפיסה המקובלת כי ציורי מים חייבים להתבצע במהירות, אפריל הקדיש לעיתים קרובות זמן רב לעבודות אלו – לעיתים אף יותר מאשר לציורי השמן שלו – מה שאפשר להן עושר ומורכבות יוצאי דופן. מעמדו כצייר צבעי מים משמעותי אושר בעוצמה על ידי תערוכתו הבולטת בשנת 2002 במוזיאון מוסקבה לאמנות מודרנית.
במדיום רבגוני זה, אפריל חקר מגוון רחב של נושאים, כולל נושאים רוחניים עמוקים, נופים מעוררי השראה וקומפוזיציות אלגוריות מורכבות. הוא זכה לשבחים במיוחד על יכולתו החלקה לשלב אלמנטים פיגורטיביים ומופשטים בטקט מדויק, תוך הפגנת שליטה ניואנסית הייחודית לחזונו. המבקרים משבחים בעקביות את כישרונו יוצא הדופן בהעברת אור וגוונים עדינים של צבע, ומציינים כיצד ציורי המים שלו מעבירים "אור פנימי הנישא על ידי הפיגמנט עצמו" ו"צבעי המדבר הנמסים" המהפנטים. אפקט מעולה זה, שהושג בצבעי מים, נחשב לעיתים קרובות למעודן יותר משמן ללכידת הזוהר העדין, כמעט אתרי, של נופי דרום ישראל. יצירות מופת כמו "ערב שבת. אל הכותל המערבי" (1993) מהוות דוגמאות מובהקות, המציגות את "דיוקו המדהים" בתיאור מבנים ארכיטקטוניים ודמויות מורכבות בבהירות עוצרת נשימה.
נופיו של אהרון אפריל הם עדות עמוקה להתפתחותו האמנותית, המשקפת את הניגודים החדים והכוח המהפכני של הסביבות בהן חי. מהמרחבים העצומים של סיביר ועד העוצמה הזוהרת של ישראל, מכחולו של אפריל תפס את רוח האדמה. חייו המוקדמים בסיביר, שסומנו בתנאים קשים וגירוש, הותירו רושם בל יימחה על יצירתו. חוויות ראשוניות אלו מהדהדות ב"צבע הקודר הנובע מהארץ הצפונית", מרמזות על פלטת צבעים עמומה, אך מורגשת עמוקות, מתקופתו הסובייטית המוקדמת. בעוד שיצירות סיביריות מוקדמות כמו "'אחרי העבודה' 1958-60", "'באזור טומסק', 1959", ו"'כאן נחיה' 1961" מבוססות על ריאליזם, הן גם בעלות "אירוניה עדינה כדי לממש מצב סובייקטיבי", כפי שציין מתי פישר, המרמז על יותר מ"רק" חיקוי. הצייר הרוסי הנודע דמיטרי ז'ילינסקי, חבר קרוב, העריץ במיוחד את יצירותיו ה"סיביריות" של אפריל. שנת 1972 סימנה רגע מכריע, כאשר מעברו של אפריל לישראל הצית שינוי דרמטי בחזונו האמנותי. האור הישראלי הייחודי והעוצמתי הפך לאתגר וגם להשראה. אפריל עצמו ניסח מאבק אמנותי זה, באומרו: "בירושלים האור ייחודי – לעיתים אפילו אכזרי. הוא מפריע באופן פעיל לציור… כאן, בירושלים קורה שהאור הורג את הצבעים, הוא לעיתים לא מאפשר לנו לתפוס את המציאות." שאיפתו המוצהרת הייתה "לנצח בתחרות זו עם האור". מבקרים מכירים בהרחבה בניצחונו במאמץ זה, כאשר יבגרף קונצ'ין טוען שאפריל "הוא עצמו האור", ופליקס רוזינר מתאר ברציפות כיצד אפריל "יצא מנצח ממאבקו באור בכך שגנב אותו מהשמיים והניח אותו בעומק בדיו וניירותיו." עיסוק עמוק זה באור הישראלי הוביל לטרנספורמציה רדיקלית בפלטת הצבעים ובסגנונו. נופיו הישראליים מאופיינים בציורים נמרצים, מקיפים, רב-צבעוניים, אנרגטיים ותשוקתיים. מהות עבודתו מתקופה זו מוגדרת על ידי "אלימות הצבע ותפיסתו", כאשר צבעים נתפסים כ"נלחמים זה בזה או מתחבקים זה עם זה". ויקטוריה חאן-מוחמדובה מציינת כי בישראל, אפריל מצא חופש אמנותי מוחלט, ושחרר את הצבע באמנותו. נופיו מתקופה זו בולטים במיוחד ביכולתם "להעביר את האור היטב", ומציגים את שליטתו בלכידת הניואנסים החמקמקים של הטבע הדרומי שלעיתים חסרו בציורי שמן. חקירתו של אפריל את הנוף הישראלי התרחבה גם לנופי צבעי מים מעודנים, שם גישתו הייחודית ל"העברת הזוהר של הצבע" אפשרה לו להעביר את הברק העדין של האור העז.
