ציורי צבעי המים של אהרון אפריל זוכים לשבחים על עומקם וזוהרם יוצאי הדופן, והם מוצגים לעיתים קרובות בתערוכות לצד ציורי השמן המרשימים שלו. בניגוד לתפיסה המקובלת כי ציורי מים חייבים להתבצע במהירות, אפריל הקדיש לעיתים קרובות זמן רב לעבודות אלו – לעיתים אף יותר מאשר לציורי השמן שלו – מה שאפשר להן עושר ומורכבות יוצאי דופן. מעמדו כצייר צבעי מים משמעותי אושר בעוצמה על ידי תערוכתו הבולטת בשנת 2002 במוזיאון מוסקבה לאמנות מודרנית.
במדיום רבגוני זה, אפריל חקר מגוון רחב של נושאים, כולל נושאים רוחניים עמוקים, נופים מעוררי השראה וקומפוזיציות אלגוריות מורכבות. הוא זכה לשבחים במיוחד על יכולתו החלקה לשלב אלמנטים פיגורטיביים ומופשטים בטקט מדויק, תוך הפגנת שליטה ניואנסית הייחודית לחזונו. המבקרים משבחים בעקביות את כישרונו יוצא הדופן בהעברת אור וגוונים עדינים של צבע, ומציינים כיצד ציורי המים שלו מעבירים "אור פנימי הנישא על ידי הפיגמנט עצמו" ו"צבעי המדבר הנמסים" המהפנטים. אפקט מעולה זה, שהושג בצבעי מים, נחשב לעיתים קרובות למעודן יותר משמן ללכידת הזוהר העדין, כמעט אתרי, של נופי דרום ישראל. יצירות מופת כמו "ערב שבת. אל הכותל המערבי" (1993) מהוות דוגמאות מובהקות, המציגות את "דיוקו המדהים" בתיאור מבנים ארכיטקטוניים ודמויות מורכבות בבהירות עוצרת נשימה.
החקירה האמנותית של אהרון אפריל התרחבה לתחום הדיוקנאות, שם תפס לא רק את דמותם של יחידים, אלא גם את מהותם. יצירות אלו מקובצות לעיתים קרובות בין "עבודותיו הריאליסטיות למדי או הריאליסטיות יחסית בעלות עלילה מובנת", ומציעות לצופים חלון ישיר למגע עם נושאיו. בין יצירותיו הדיוקנאותיות נמצאים תיאורים אינטימיים של קרובי משפחתו, החושפים קשר אישי לנושאיו. עמיתו וחברו המוערך, הצייר הרוסי דמיטרי ז'ילינסקי, שיבח במיוחד את דיוקנאותיו של אפריל, מזהה את איכותם הייחודית. בעודו שואף לדמות אמת, גישת אפריל לדיוקנאות חרגה ממעשה של הופעה חיצונית בלבד. הוא שאף "להתבונן פנימה" אל נושאי ציוריו, תוך שאיפה לחשוף משהו יסודי ואופייני להם. מבט פנימי זה אפשר לדיוקנאותיו להפוך ליותר מ"רק ייצוגים"; הם הפכו לתובנות ברוח האדם.
