ציורי צבעי המים של אהרון אפריל זוכים לשבחים על עומקם וזוהרם יוצאי הדופן, והם מוצגים לעיתים קרובות בתערוכות לצד ציורי השמן המרשימים שלו. בניגוד לתפיסה המקובלת כי ציורי מים חייבים להתבצע במהירות, אפריל הקדיש לעיתים קרובות זמן רב לעבודות אלו – לעיתים אף יותר מאשר לציורי השמן שלו – מה שאפשר להן עושר ומורכבות יוצאי דופן. מעמדו כצייר צבעי מים משמעותי אושר בעוצמה על ידי תערוכתו הבולטת בשנת 2002 במוזיאון מוסקבה לאמנות מודרנית.
במדיום רבגוני זה, אפריל חקר מגוון רחב של נושאים, כולל נושאים רוחניים עמוקים, נופים מעוררי השראה וקומפוזיציות אלגוריות מורכבות. הוא זכה לשבחים במיוחד על יכולתו החלקה לשלב אלמנטים פיגורטיביים ומופשטים בטקט מדויק, תוך הפגנת שליטה ניואנסית הייחודית לחזונו. המבקרים משבחים בעקביות את כישרונו יוצא הדופן בהעברת אור וגוונים עדינים של צבע, ומציינים כיצד ציורי המים שלו מעבירים "אור פנימי הנישא על ידי הפיגמנט עצמו" ו"צבעי המדבר הנמסים" המהפנטים. אפקט מעולה זה, שהושג בצבעי מים, נחשב לעיתים קרובות למעודן יותר משמן ללכידת הזוהר העדין, כמעט אתרי, של נופי דרום ישראל. יצירות מופת כמו "ערב שבת. אל הכותל המערבי" (1993) מהוות דוגמאות מובהקות, המציגות את "דיוקו המדהים" בתיאור מבנים ארכיטקטוניים ודמויות מורכבות בבהירות עוצרת נשימה.
אמנותו של אהרון אפריל פנתה לעיתים קרובות אל העולם סביבו, ותיארה את חיי היומיום הן בשנותיו הסובייטיות המוקדמות והן בתקופתו הישראלית המהפכנית. עבודות אלו נופלות לעיתים קרובות לקטגוריה של "עבודות ריאליסטיות למדי או ריאליסטיות יחסית בעלות עלילה מובנת", ומציעות לצופים חלון מוכר אל החוויה האנושית. בתקופתו הישראלית, אפריל צייר "סצנות חיים" אינטימיות, כגון "המשפחה", "מצפים ליורש" ו"בית בירושלים". ציור המים שלו "ערב שבת. אל הכותל המערבי" (1993) בולט ב"דיוקו המדהים" בהצגת פרטים ארכיטקטוניים ודמויות זעירות רבות, ומציג את עינו הקפדנית לפרטים גם בתוך סצנה הומה. במבט לאחור אל ימיו הראשונים בברית המועצות, אמנותו של אפריל תוארה לעיתים קרובות כ"תמונות ריאליסטיות". הוא התמודד עם נושאים המשותפים לאמני שנות ה-60 בברית המועצות, כולל יצירות כמו "בארצות החדשות", "נהג טרקטור סועד" ו"דייגי נארים". נופים סיביריים מוקדמים, כגון "'אחרי העבודה' 1958-60", "'באזור טומסק', 1959" (שהיתה לה "תהודה גדולה"), "'כאן נחיה' 1961", "פרברי הכפר" (1958), ו"בתים על נהר טום", גם רמזו על נוכחות ופעילות אנושית למרות התמקדותם העיקרית בטבע. בעוד שיצירות מוקדמות אלו אימצו את הריאליזם, מתי פישר מציע שאפריל השתמש ב"אירוניה עדינה כדי לממש מצב סובייקטיבי" בנופיו הסיביריים, ורומז שהם מעולם לא היו חיקוי פשוט לחלוטין של המציאות. תקופה מוקדמת זו הייתה לעיתים קרובות קשורה ל"סגנון המחמיר" או "הסגנון הצנוע" של אותה תקופה, שסומן בפלטת צבעים עמומה יותר. אפריל עצמו נזכר שאמרו לו שהוא מצייר רק ב"אומבר", ותיאר את האדמה בעבודותיו המוקדמות כ"אפור-אומבר", ניגוד חד לצבעים המבריקים שיגדירו מאוחר יותר את אמנותו הישראלית. שנת 1972 סימנה "תפנית חדה" בחייו ובמסלולו האמנותי של אפריל עם מעברו מברית המועצות לישראל. הוא למעשה נאלץ "להתחיל… מאפס" מבחינה אמנותית. בעוד שהביא עמו את הכשרתו המקצועית החזקה מבית הספר סוריקוב, האור הישראלי העוצמתי השפיע עמוקות על פלטת הצבעים ועל גישתו. שינוי דרמטי זה הוביל לצבעים התוססים, האקספרסיביים ו"המשוחררים" הנראים בעבודותיו המאוחרות, כולל אלה התופסות את הניואנסים של חיי היומיום במולדתו החדשה.
