ציורי צבעי המים של אהרון אפריל זוכים לשבחים על עומקם וזוהרם יוצאי הדופן, והם מוצגים לעיתים קרובות בתערוכות לצד ציורי השמן המרשימים שלו. בניגוד לתפיסה המקובלת כי ציורי מים חייבים להתבצע במהירות, אפריל הקדיש לעיתים קרובות זמן רב לעבודות אלו – לעיתים אף יותר מאשר לציורי השמן שלו – מה שאפשר להן עושר ומורכבות יוצאי דופן. מעמדו כצייר צבעי מים משמעותי אושר בעוצמה על ידי תערוכתו הבולטת בשנת 2002 במוזיאון מוסקבה לאמנות מודרנית.
במדיום רבגוני זה, אפריל חקר מגוון רחב של נושאים, כולל נושאים רוחניים עמוקים, נופים מעוררי השראה וקומפוזיציות אלגוריות מורכבות. הוא זכה לשבחים במיוחד על יכולתו החלקה לשלב אלמנטים פיגורטיביים ומופשטים בטקט מדויק, תוך הפגנת שליטה ניואנסית הייחודית לחזונו. המבקרים משבחים בעקביות את כישרונו יוצא הדופן בהעברת אור וגוונים עדינים של צבע, ומציינים כיצד ציורי המים שלו מעבירים "אור פנימי הנישא על ידי הפיגמנט עצמו" ו"צבעי המדבר הנמסים" המהפנטים. אפקט מעולה זה, שהושג בצבעי מים, נחשב לעיתים קרובות למעודן יותר משמן ללכידת הזוהר העדין, כמעט אתרי, של נופי דרום ישראל. יצירות מופת כמו "ערב שבת. אל הכותל המערבי" (1993) מהוות דוגמאות מובהקות, המציגות את "דיוקו המדהים" בתיאור מבנים ארכיטקטוניים ודמויות מורכבות בבהירות עוצרת נשימה.
עבור אהרון אפריל, נושאים מקראיים ודתיים לא היו רק הד היסטורי, אלא רובד סמוי של הקיום העכשווי. נושא זה עומד כאבן יסוד מרכזית וחוזרת לאורך כל יצירתו. אפריל ניחן ביכולת יוצאת דופן להבחין בתהודה מקראית גם בתוך המציאות ההומה של ישראל המודרנית והעולם סביבו, יכולת שנבעה מהטמעה אינטואיטיבית של כתבי הקודש.
עיסוקו בנושאים אלה היה עמוק מבחינה רוחנית, ובמיוחד שזור בחייו בישראל ובקשרו העמוק לירושלים. הוא ראה בירושלים את "מקלטו הרוחני והגיאוגרפי", מקום הקשור באופן מהותי לזיכרון האבות של העם העברי. עומק רוחני זה הדהד בעוצמה בקרב הצופים, כפי שציין דמיטרי ז'ילינסקי, שצפה כי יצירותיו של אפריל בנוגע להיסטוריה ולחיי העם היהודי שבו את הקהל, והזמינו אותו "להסתכל, להרגיש, לדעת ולהבין".
אפריל ניגש לנושאים אלה ב"סגנון חדש", והפיח חיים חדשים בנרטיבים עתיקים. ציורי צבעי מים המתארים סצנות מכתבי הקודש היו לעיתים קרובות מוקד תערוכותיו, ובמיוחד בתערוכתו במוסקבה ב-2002, אשר נועדה להעביר את ההתגלות העמוקה שחווה בארץ ישראל. בתוך נושא עוצמתי זה, אמנותו של אפריל מביאה לעיתים קרובות את הקרב בין טוב לרע לחזית, המונע לעיתים קרובות על ידי "מערבולת צבעים" דינמית. מאבק זה יכול להיות מוצג עם צורות מורכבות, לעיתים משלב ציפורים או חרקים. הקונספט יוצר הקבלה ל"דמון" של מיכאיל ורובל, כאשר אורו השליו של אפריל, הנובע מסלעי ירושלים העתיקים, מתמודד עם "ממלכה מטורפת" של גוונים כהים. באמצעות מדיום הציור, המשיכה הרגשית העמוקה של נרטיבים אלה הופכת לזיכרון מתמשך המתכתב הם המציאות העכשווית.
