ציורי צבעי המים של אהרון אפריל זוכים לשבחים על עומקם וזוהרם יוצאי הדופן, והם מוצגים לעיתים קרובות בתערוכות לצד ציורי השמן המרשימים שלו. בניגוד לתפיסה המקובלת כי ציורי מים חייבים להתבצע במהירות, אפריל הקדיש לעיתים קרובות זמן רב לעבודות אלו – לעיתים אף יותר מאשר לציורי השמן שלו – מה שאפשר להן עושר ומורכבות יוצאי דופן. מעמדו כצייר צבעי מים משמעותי אושר בעוצמה על ידי תערוכתו הבולטת בשנת 2002 במוזיאון מוסקבה לאמנות מודרנית.
במדיום רבגוני זה, אפריל חקר מגוון רחב של נושאים, כולל נושאים רוחניים עמוקים, נופים מעוררי השראה וקומפוזיציות אלגוריות מורכבות. הוא זכה לשבחים במיוחד על יכולתו החלקה לשלב אלמנטים פיגורטיביים ומופשטים בטקט מדויק, תוך הפגנת שליטה ניואנסית הייחודית לחזונו. המבקרים משבחים בעקביות את כישרונו יוצא הדופן בהעברת אור וגוונים עדינים של צבע, ומציינים כיצד ציורי המים שלו מעבירים "אור פנימי הנישא על ידי הפיגמנט עצמו" ו"צבעי המדבר הנמסים" המהפנטים. אפקט מעולה זה, שהושג בצבעי מים, נחשב לעיתים קרובות למעודן יותר משמן ללכידת הזוהר העדין, כמעט אתרי, של נופי דרום ישראל. יצירות מופת כמו "ערב שבת. אל הכותל המערבי" (1993) מהוות דוגמאות מובהקות, המציגות את "דיוקו המדהים" בתיאור מבנים ארכיטקטוניים ודמויות מורכבות בבהירות עוצרת נשימה.
אמנותו של אהרון אפריל חורגת מייצוג גרידא, ומזמינה את הצופים לעולם עשיר של אלגוריה וסמליות. ציוריו זוכים לשבחים על אופיים העמוק ו"מרובה הפנים", שבו צבעים וצורות שזורים זה בזה כדי ליצור אינספור "פנים" חמקמקים המעודדים פרשנות אישית ויצירת "שמות חדשים" ליצירות "עי הצופה. את עבודותיו מאפיינת תחושת המסתורין, המחייבת אותם "להשתתף" בחשיפת רבדיה המורכבים של היצירה. מבקרים מתארים בעקביות את יצירותיו כ"שרשרת של תעלומות", ואפריל עצמו "משאיר בכוונה מקום למסתורין, לחידה." למרות ההשפעה עמוקה מתנועת הסימבוליזם, ובמיוחד מעבודותיו של מיכאיל ורובל, אפריל פירש מחדש רעיונות אלה הנוגעים להתגלותו ההדרגתית של המימד הסימבולי של היצירה. במקום להצביע על ישויות מטאפיזיות נפרדות, הוא התמקד ביחסי הגומלין של האלמנטים החומריים של הציור – המסמנים – כאמצעי הישיר להשגת משמעות. במסגרת זו, האלמנטים החומריים פועלים כזרז לזיכרון, וצבירת הזיכרון הופכת לדרך להשגת תודעה, שאותה ראה כ"אפקט" הנובע מתהליך זה עצמו. כתוצאה מכך, ניתן לחוות את אמנותו כסדרה של חידות או שטיח מורכב הדורש השתתפות פעילה מהצופה בבניית משמעותו. בתוך שפה סמלית עשירה זו, אפריל מביא לעיתים קרובות את הקרב בין טוב לרע לחזית. נושא זה מתבטא לעיתים קרובות באמצעות יחסי הגומלין הדינמיים של הצבעים. ציוריו מאוכלסים בדימויים ובדמויות מוזרות וחמקמקות – כגון חיות הקשורות לפחדים מילדות – המגיחות באופן אורגני משכבות הצבע התוססות. עבודתו גם חוקרת את הקונספט האוניברסלי של מאבק ("קונפליקט") כהיבט מהותי של שינוי והתהוות, ועלולה אף לגלם כוח ארוטי. עומק חקירה זה מעניק לעיתים קרובות לציוריו אופי ספקולטיבי, ומעודד התבוננות זמן רב לאחר הצפייה הראשונית.
