ציורי צבעי המים של אהרון אפריל זוכים לשבחים על עומקם וזוהרם יוצאי הדופן, והם מוצגים לעיתים קרובות בתערוכות לצד ציורי השמן המרשימים שלו. בניגוד לתפיסה המקובלת כי ציורי מים חייבים להתבצע במהירות, אפריל הקדיש לעיתים קרובות זמן רב לעבודות אלו – לעיתים אף יותר מאשר לציורי השמן שלו – מה שאפשר להן עושר ומורכבות יוצאי דופן. מעמדו כצייר צבעי מים משמעותי אושר בעוצמה על ידי תערוכתו הבולטת בשנת 2002 במוזיאון מוסקבה לאמנות מודרנית.
במדיום רבגוני זה, אפריל חקר מגוון רחב של נושאים, כולל נושאים רוחניים עמוקים, נופים מעוררי השראה וקומפוזיציות אלגוריות מורכבות. הוא זכה לשבחים במיוחד על יכולתו החלקה לשלב אלמנטים פיגורטיביים ומופשטים בטקט מדויק, תוך הפגנת שליטה ניואנסית הייחודית לחזונו. המבקרים משבחים בעקביות את כישרונו יוצא הדופן בהעברת אור וגוונים עדינים של צבע, ומציינים כיצד ציורי המים שלו מעבירים "אור פנימי הנישא על ידי הפיגמנט עצמו" ו"צבעי המדבר הנמסים" המהפנטים. אפקט מעולה זה, שהושג בצבעי מים, נחשב לעיתים קרובות למעודן יותר משמן ללכידת הזוהר העדין, כמעט אתרי, של נופי דרום ישראל. יצירות מופת כמו "ערב שבת. אל הכותל המערבי" (1993) מהוות דוגמאות מובהקות, המציגות את "דיוקו המדהים" בתיאור מבנים ארכיטקטוניים ודמויות מורכבות בבהירות עוצרת נשימה.
בעוד אהרון אפריל נטה ביסודו לאמנות פיגורטיבית, עבודתו עשירה באלמנטים וגישות מופשטות, במיוחד בתקופתו המאוחרת בישראל. במקום הפשטה טהורה, אפריל שילב במיומנות איכויות מופשטות בקומפוזיציות שלו, לעיתים קרובות משלב אלמנטים פיגורטיביים ומופשטים בטקט יוצא דופן, בולט במיוחד בציורי המים האקספרסיביים שלו. בסגנונו הדינמי של אפריל, קווים יכלו "לשרוד את עצמם", וצורות יכלו "להתמוסס בגוון", ולהותיר אחריהם רק רמז או הצעה לדמות. טכניקה זו אפשרה לדימויים להגיח מתוך, או להיות מוצעים על ידי, הצבע והגוון עצמם, במקום להיות מתוארים בקפדנות. נזילות מהותית זו תורמת באופן משמעותי לתחושה המופשטת של יצירותיו. היבט מרכזי המזין את האיכות המופשטת של אמנותו של אפריל הוא התמקדותו העזה בצבע ובאור. מהות עבודתו מתוארת לעיתים קרובות כ"אלימות הצבע ותפיסתו", כאשר צבעים נתפסים כ"נלחמים זה בזה או מתחבקים זה עם זה". יחסי גומלין עוצמתיים ודינמיים אלה של צבע מתפקדים כשפה מופשטת בפני עצמה, המעבירה רגש ואנרגיה עמוקים. אור ירושלים הייחודי והעוצמתי, בפרט, השפיע עמוקות על "אובססיות הצבע" העמוקות שלו. קונספט "כתמי הזיכרון" החדשני שלו מציג גם איכות מופשטת מובהקת. דימויים ודמויות יכולים להגיח מהתנגשויות ושכבות של צבע, או מ"כתמים" מעוררי השראה אלו, שהם אנלוגיים לאופי המקוטע והשכבתי של הזיכרון. "כתמי זיכרון" אלו יוצרים לעיתים קרובות שטיח עשיר ומורכב ולא נרטיב קפדני, המעודד את הצופה לפרש באופן פעיל את מה שהוא רואה ומפריע לכל זיהוי פשוט מדי. אפריל גם שאף לשלב את הטבע הסטטי של אמנויות פלסטיות עם תחושת דינמיקה, ובקש "לחצות את גבולות האמנויות הפלסטיות". זה כלל שימוש באלמנטים ציוריים, כולל מופשטים, כדי להעביר תחושה כובשת של תנועה וזמן מרוכז בתוך היצירה. בסופו של דבר, בעוד שנושאיו של אפריל נבעו לעיתים קרובות מהעולם הנראה לעין ומהנרטיבים המקראיים, שימושו המתוחכם בהפשטה – באמצעות צורות מתמוססות, צבע דינמי ו"כתמי הזיכרון" מעוררי ההשראה – שימש להעמקת ההשפעה הרגשית, הסמלית והרוחנית של אמנותו. הוא הזמין את הצופה לעסוק באופן פעיל בפרשנות העולם ה"רב-משמעי, רב-פנימי ופנטסטי" שיצר באופן כה ייחודי